糧食要增產，肥料不可少。眾所周知，我國糧食實現連年增產，化肥施用是其中的關鍵因素。然而，由于化肥長期過量施用，我國耕地質量明顯下降，水體富營養化、溫室氣體排放等一系列環境問題也隨之而來。在目前的兩難困境中，我們開始面臨新的問題：既要保障糧食增產，又要保護耕地、保證農業可持續發展，肥料究竟應該怎么來施？
改革開放以來，我們國家也一直在使用化肥。但由于不合理的施用方式，化肥對土壤造成的傷害已逐漸顯現。首先就是土壤肥力的下降，大量耕地出現了土壤板結、退化嚴重的現象，土壤對肥料的利用效率也越來越低，土傳病害不斷出現，還影響了農產品的品質。其次是對環境的污染，氮肥的施用增加了溫室氣體的排放，同時，過量肥料隨水淋失，進入地下水或江湖，引起富營養化。據2007年全國污染普查的結果顯示，我國農業排放的化學需氧量占全國排放總量的43.7%，其中，農田排放的氮、磷分別占總量的57.2%和67.4%。
在資源約束日益緊張的今天，我們未來的農業生產面臨著雙重壓力，一方面要保障糧食持續穩定增產，另一方面要減少面源污染、保證農業的可持續發展，怎么用肥，便成為企業和農民必須面臨和解決的問題，而微生物肥料所具備的多功能特性正好與克服這些影響我國農業可持續發展問題相對路，因而說它是一個發展的趨勢。
微生物肥料在大類上屬于有機類肥中的一種，但目前更多將其列為新型肥料中的品種。傳統的有機肥多來自動植物的廢棄物，有效養分含量低，肥效相對低，而微生物肥料利用微生物的作用，將原來的廢棄物、人畜糞便、各種秸稈甚至污染物發酵后變成具有活性的多功能高效肥料，使用后通過其中所含的大量有益微生物的活動，增進土壤肥力，刺激和調控作物生長，增強抗逆和抗病能力。
現在，我國面臨耕地復種指數高、生產力下降，作物病害頻發，農業效益下降等等的問題，而微生物肥料的特點和功能恰好能解決、應對這些問題。相關試驗數據表明，應用微生物肥料能使水稻提高產量5%以上，棉花、油菜等的增產效果非常明顯，瓜果施用后甜度提高。最重要的是，它不污染環境，還能培肥地力，保證耕地的可持續生產力。
可以說，與傳統肥料相比，微生物肥料在保護生態、農業廢棄物資源利用、提高肥料利用率和作物產量質量等方面具有明顯優勢，它是一種“環境友好型肥料”。2013年，美國出版了《微生物養活世界》一書，強調通過調控土壤微生物區系能夠增產20%，減少20%的化肥與農藥，是未來環境友好、經濟高效農業的新出路。眼下，我國比世界上任何國家都更需要發展微生物肥料，它完全能滿足我國農業可持續發展的要求，它具備國家戰略需求的特征，能有效緩解農業生產雙重壓力，在加強耕地質量建設、提高科學施肥水平等方面，可以說能夠挑起“四兩撥千斤”的重任。
到目前為止,我國已經收集、保藏、鑒定的菌種庫藏資源已超過25000余株,位列世界第二,各種功能特色菌株陸續應用；大量具有特殊功能的微生物制品、新型微生物肥料相繼面世；我國微生物肥料產業發展迅速,年產量突破1000萬噸,應用面積超過2億畝,中國特色的微生物產業基本形成。
